Vào ngày 30/11/2012, UBND tỉnh Khánh Hòa đã ban hành Quyết định số 2974/QĐ-UBND về việc Quy hoạch chi tiết (tỷ lệ 1/500) khu du lịch đảo Hòn Tre Nha Trang, thuộc phường Vĩnh Nguyên, TP. Nha Trang.
Theo Quy hoạch được phê duyệt, khu vực quy hoạch là phần đất đảo và mặt biển tại các khu vực: Bãi Rạn, Bãi Tre, Đầm Bấy, Vũng Ngán và Bích Đầm thuộc diện tích đảo Hòn Tre Nha Trang với khoảng 556,59ha mặt đất đảo và 926,53ha mặt biển. Mục tiêu của Quy hoạch nhằm xây dựng quần thể du lịch sinh thái, nghỉ dưỡng, hội nghị, hội thảo, vui chơi giải trí..., trên cơ sở bảo tồn, phát huy giá trị cảnh quan tự nhiên của đảo Hòn Tre nói riêng và vịnh Nha Trang nói chung.
Tổng quan không gian kiến trúc cảnh quan được quy hoạch theo nguyên tắc tựa lưng vào núi và mở ra phía biển, quy hoạch xây dựng các khu vực chức năng trên cơ sở khai thác cảnh quan và địa hình tự nhiên. Các công trình chủ yếu được xây dựng phân tán, không xây dựng các công trình có khối tích quá lớn. Hình thức kiến trúc thân thiện với thiên nhiên. Khu du lịch Hòn Tre Nha Trang được quy hoạch thành 5 khu vực chính theo các địa giới quy hoạch vốn có, cụ thể như sau:
- Khu Bãi Rạn với diện tích đất đảo quy hoạch là 828.721m2 cùng với khoảng 1.412.000m2 mặt biển trong khu vực nghiên cứu quy hoạch, được nghiên cứu xây dựng thành một khu hỗn hợp các khách sạn Hòn Tre Nha Trang, biệt thự và resort đạt tiêu chuẩn 5 sao.
- Khu Bãi Tre có diện tích 1.193.983m2 đất đảo và 2.967.185m2 phạm vi diện tích mặt biển quy hoạch.
- Với diện tích 2.266.106m2 đất đảo và 3.391.396m2 mặt biển nghiên cứu quy hoạch, khu Đầm Bấy được xây dựng với tính chất là khu resort Hòn Tre Nha Trang, khách sạn kết hợp dịch vụ điều dưỡng, chăm sóc sức khỏe.
- Khu vực Vũng Ngán với diện tích 660.524m2 mặt đất đảo và 956.401m2 mặt biển nghiên cứu quy hoạch.
- Cuối cùng là khu vực Bích Đầm (616.566m2 đất đảo và 534.287m2 mặt biển nghiên cứu quy hoạch), đây là khu dự kiến xây dựng phục vụ mục đích tái định cư cho cư dân trên toàn đảo Hòn Tre ở Nha Trang với các hạng mục công trình, hạ tầng phục vụ nhu cầu sinh sống của dân cư sau khi được tái định cư về khu vực này.
TTXT du lịch Khánh Hòa